In cadrul facultatii functioneaza doua centre de cercetare: Centrul de Biotehnologii microbiene si cel de Biochimie aplicata si biotehnologie, acesta din urma primind în anul 2002 statutul de Centru de excelenta. Cadrele didactice si studentii facultatii sunt implicati în proiecte de cercetare variate, nationale si internationale, iar multe dintre ele sunt membrii ai unor prestigioase organizatii stiintifice nationale si internationale.

Proiecte si granturi de cercetare. De la înfiintare, la nivelul facultatii s-au derulat peste 70 contracte oi granturi de cercetare, a caror valoare atinge 3,9 miliarde lei oi peste 350.000 USD. Finantarea a fost asigurata din fonduri CNCSIS, ANSTI, Banca Mondiala si de diferite unitati de cercetare si productie. Principalele directii de cercetare ale colectivelor de cadre didactice oi studenti ai facultatii se refera la: " modificarea genetica a organismelor (microorganisme, plante si animale) în scopul ameliorarii performantelor lor productive precum si aplicarea unor tehnici de analiza moleculara (markeri moleculari) pentru selectia rapida si caracterizarea organismelor cu însusirile dorite; " studii privind elaborarea unor tehnologii de bioremediere a mediilor poluate; " elaborarea unor tehnologii de obtinere si utilizare practica (în industria alimentara, în industria chimica sau farmaceutica, în agricultura) a unor substante biologic active produse de microorganisme sau a unor noi tulpini microbiene naturale cu performante deosebite; " îmbunatatirea tehnologiilor existente si elaborarea de noi tehnologii pentru valorificarea resurselor agroalimentare " obtinerea unor biopreparate cu efecte stimulatoare pentru plante sau animale sau a unor biopreparate cu efect inhibitor pentru diferiti patogeni; " elaborarea unor metode moderne de analiza calitativa si cantitativa a unor compusi naturali utili sau a poluantilor; " elaborarea de modele matematice necesare conducerii automate a proceselor cu utilizarea tehnicii de calcul numeric.

In urma activitatii de cercetare, cadrele didactice au elaborat, în perioada 1998-2002, un numar de 234 lucrari stiintifice, acestea fiind publicate în reviste de prestigiu din tara si strainatate. De asemenea, o parte însemnata dintre aceste lucrari au fost prezentate la manifestari stiintifice internationale.